کلیشه‌های فلکسو مسئولیت دشواری بر عهده دارند، چرخیدن روی یک سیلندر چاپ، آغشته شدن به مرکب و انتقال مکرّر یک تصویر به یک جنس چاپی از جمله وظایفی است که کلیشه چاپ فلکسو انجام می‌دهد. برای اطمینان از اینکه این کلیشه‌ها بتوانند در برابر فشار طبیعی چاپ مقاومت کنند، به مراقبت و نگهداری دقیق نیاز دارند. استفاده از مواد شیمیایی قوی (خورنده و فرساینده) به جای مواد تأیید شده و پارچه یا برس ضخیم برای تمیز کردن کلیشه‌ها، دو اشتباه رایج در نگهداری است که می‌تواند منجر به آسیب دیدن آنها شود.
در رابطه با تشخیص مواد شیمیایی مناسب، چند راه مختلف وجود دارد که چاپخانه‌ها می‌توانند برای تعیین محلول مورد استفاده خود بکار گیرند. به چاپخانه‌ها توصیه می‌شود که با تولیدکننده کلیشه خود مشورت کنند، زیرا کلیشه‌سازان معمولاً فهرستی از مواد شیمیایی مورد تأیید را در اختیار دارند. همچنین، دستیابی به مواد شیمیایی از طریق توزیع‌کننده محصولات فلکسوگرافی، به جای جستجو در خارج از صنعت، یک گزینه ایمن است.
توصیه می‌شود برای پاک کردن مرکب از روی کلیشه از یک برس با موی طبیعی مانند موی اسب استفاده شود که بتوانید مرکب را بدون کشیدن زیاد برس بر روی کلیشه، پاک کنید. همچنین اپراتورهای چاپ نباید هنگام تمیز کردن کلیشه‌ها، فشار زیادی اعمال کنند. (فشار بیش از حد هنگام تمیز کردن کلیشه، باعث خوردگی آن می‌شود). به عنوان مثال، استفاده از پارچه‌های موجود در فروشگاه‌ها، اسفنج‌های نایلونی یا برس های زبر به احتمال زیاد به سطح کلیشه آسیب می‌رساند. مشورت کردن با تولیدکننده‌ی کلیشه کمک شایانی در این زمینه می‌کند.
یکی دیگر از مشکلات احتمالی اپراتورهای چاپ، نحوهٔ جدا کردن کلیشه از سیلندر در پایان کار چاپ است. احتیاط زیاد هنگام جدا کردن کلیشه از چسب پایه، بسیار حائز اهمیت است، دقت کنید طلق پشت کلیشه را خم نکنید و مراقب باشید کلیشه پاره نشود. جهت جلوگیری از پارگی کلیشه و بُرش‌های اشتباه کلیشه، مخصوصاً در برش‌های پله ای، دقت کافی را به عمل آورید و این کار را با حوصله انجام دهید.
اگر کلیشه‌ها به صورت “خمیده” ذخیره شوند (یعنی از اسلیو جدا نشده باشند)، باید در یک پوشش ضد نور، پیچیده و نگهداری شوند تا از آسیب احتمالی اوزون یا اشعه ماوراءبنفش در امان بمانند. در صورتی که کلیشه‌ها روی هم چیده شده‌اند باید بین هر دو کلیشه از ورق‌های جداکننده‌ی حبابی یا کاغذهای سیلیکونی جهت جلوگیری از چسبیدن دو کلیشه به یکدیگر استفاده کنند.
یک اشتباه متداول اغلب در انبار کردن کلیشه‌ها پیش می‌آید. اپراتورهای مربوطه فرض می‌کنند که اگر کلیشه‌ای به طور صحیح پوشانده شود، دیگر در برابر گرما یا نور آسیب‌پذیر نیست این درحالی است که کلیشه‌ها باید در دمای زیر ۱۰۰ درجه فارنهایت (۳۷ درجه سانتیگراد) ذخیره شوند که رعایت آن معمولاً کار آسانی است، اما این مسئله برای چاپخانه‌هایی که کلیشه‌ها را در مناطقی با آب و هوای گرم انبار می‌کنند، چالش برانگیز خواهد بود. حتی در صورت پوشاندن کلیشه‌ها باید آن را به دور از اشعه ماوراءبنفش نگهداری کرد. اغلب مواقع، ترک خوردگی و سایر مشکلات کلیشه به دلیل وجود نورگیر یا پنجره در انبار کلیشه است که باعث می‌شود اشعه ماوراءبنفش به کلیشه‌ها برسد و طول عمر کلیشه را کاهش دهد. برای جلوگیری از این مشکل، توصیه می‌شود در محل انبار کلیشه‌ها، از فیلم‌های ضد نور UV برای پوشاندن پنجره‌ها استفاده کنید تا از ورود اشعه ماوراء بنفش جلوگیری کند. علاوه بر این، کلیشه ها را می‌توان در یک پاکت ضخیم قرار داد تا در معرض نور قرار نگیرند.
